מכון "בין הצללים" הוקם על ידי פסיכולוגים קליניים בכירים, אשר שירתו בצה"ל ובקהיליית המודיעין במשך שנים רבות בתפקידים מגוונים וליוו אלפי יוצאי יחידות אלו. המכון הוקם מתוך מחשבה על הצורך במענה מותאם לאוכלוסיה זו ומתוך הבנה עמוקה של המאפיינים הייחודיים של השירות בגופי הביטחון השונים. מאפיינים אלו ממשיכים לרוב ללוות את האדם גם לאחר שסיים את שירותו והמשיך בחייו ומהווים חלק ממי שהוא, ולעיתים, גם חלק ממה שמביא אותו לפנות לייעוץ. 

מניסיוננו, אדם הפונה לטיפול חש נוח יותר כאשר הוא פוגש מטפל המכיר את עולם התוכן ממנו הגיע.